1993년 부터 생산된 기종에는 자체 보유 방어시스템이 개량되었는데, 기존의 AN/ALE-39 채프 발사기는 AN/ALE-47로 교체 되었고, AN/ALR-67 레이더 경보 수신기 또한 업그레이드 되었습니다.

또한 F/A-18C 항공전단에는 90년대 이후 쏟아져 나오기 시작하는 차세대 원격및 정밀 공격무기 운용에 대비하기 위해 전술 FLIR/레이저 지시기 포트와 ARC-210라디오, GPS, 조종석 비디오 레코더, 위성통신 능력과 그외 대레이더 공격 미사일인 HARM 블록 6버전운용능력을 보강 하였습니다.

1997년 8월 1일 부로 멕도넬 더글라스는 보잉에 합병되어 이후에 보잉이라는 이름으로 생산이 계속되다가 1999년 미해군용 F/A-18C의 생산은 종료되게 되었고 이후 해외에서도 더이상 주문을 받지 못해 생산은 완전 폐쇄 되어 있는 상태이고 이후에 여러분이 잘 아시는 슈퍼 말벌의 생산으로 넘어가게 됩니다.

이미 생산이 중단되기는 했지만 F/A-18C는 현재 미해군의 주력전투기로 이미 오래전에 굳혔고 덕분에 A/B형은 상당 부분은 사막의 기체 보관소로 직행하게 되었죠.