F-4EJ는 당초 전체 보유125대를 KAI개조로 운영할 예정이었지만 이것이 110대로 줄어들게 되었고 최종적으로 96대만 KAI개조를 받게 됩니다. 이후 남아있는 29대중 17대는 RF-4EJ 정찰기형 기체로 개수 받게 되었고, 나머지 12대는 퇴역하게 되었습니다. 그리고 KAI개조가 진행되는 동안 F-4EJ는 사고로 14대를 잃게 되었습니다.
그리고 1990년 초반부터 F-4EJ(KAI)는 점차 주력에서 밀리기 시작하면서 점차 운영부대수도 3개부대로 줄어들게 되는데, 최초의 F-4EJ(KAI)를 수령받은 고마쓰기지의 제 306전투비행대,및 303,304,305 전투비행대는 1990년대 중후반까지 F-15J/DJ로 기종개편을 완료합니다. 그리고 이부대에서 사용했던 F-4EJ(KAI)는 미자와기지의 제 8전투비행대, 니우타바루기지의 제5전투비행대, 오키나와 나하기지의 제 83전투비행대가 인수하였고, 정찰용팬텀은 하쿠리기지의 제501 정찰비행대에 배속되어 오늘날까지 사용하고 있다고 합니다.
그리고 이기체들은 신형 후계기가 나올때까지 운영할 예정이라고 합니다.
그래서 최근 자위대의 가장 큰 고민이 되고 있지요. 차기 신형전투기도 이놈을 빨리 교체를 해야 한다는 목적하에 이리저리 기체를 찾고 있지만, 아직 완전히 확정된것은 없는것 같은데, 왠지 자위대의 고민이 남의 일같지 않은것은 왜일까요?