F-4EJ(KAI)는 당시 F-16A의 주력레이더였던 웨스팅하우스 AN/APG-66을 면허생산한 AN.APG-66J 펄스도플러레이더를 장착합니다. 이것은 기존의 AN/APQ-120레이더 보다 크기는 작고 가볍지만 보다 뛰어난 하방탐지및 하방공격능력을 지녔습니다. 그래서 외견상 기수 앞 레이돔의 길이가 좀 길어지고 레이돔의 형상도 F-16의 형태처럼 윗부분에 줄이 죽죽 그어진 형태로 되어있습니다.
F-4EJ(KAI)는 신형 중앙컴퓨터를 장착하였습니다. 그리고 카이저 헤드업디스플레이, Hazeltine AN/APZ-79 피아식별장비, 리튼 LN-39 내부항법시스템의 면허생산형, 그리고 신형 J/APR-6 레이더 유도/경고시스템이 장착되어있습니다. 이시스템은 수직안정판뒤 한쌍의 작은 레이돔안에 장착되어 있고 날개 끝에는 전방외형 안테나가 장착되어 있습니다. 그리고 동체 가운데에는 긴 UHF안테나가 장착되어 있고, 보다 작은 UHF안테나가 노즈기어 이착륙장치문에 장착되어 있습니다. 그래서 외형적으로 보면 우선 레이돔의 형태. 동체위 가운데의 UHF 안테나, 수직안정판윗부분의 한쌍의 레이더유도/경보시스템이 기존의 F-4EJ와 F-4EJ(KAI)의 큰 차이점이라고 할수 있습니다.