F-4EJ는 1971년 1월 14일 세인트루이스의 멕도넬더글라스 공장에서 2대를 제작하여 첫시험비행에 들어갑니다.
이후 11대는 멕도넬더글라스에서 생산된 부품을 가지고 일본 미쓰비시 중공업에서 조립한뒤 1972년 5월 12일에 첫비행에 성공하게 됩니다. 나머지 127대는 1981년까지 미쓰비시 중공업에서 면허 생산하게 되었습니다.
그래서 1981년 5월 20일 마지막 기종을 항공자위대에 인도 하였고, 이것은 1959년 본격생산된 이래 사실상의 팬텀의 마지막 생산기가 되었습니다.
미쓰비시 중공업에서 팬텀을 생산하면서 전수방위의 원칙에 따라 공중급유구를 장착하지는 않았지만, 공중급유에 필요한 장치는 전부 장착하게 됩니다. 한마디로 구멍만 막아놓고 갖출건 다갖춘 셈이었고 이 방위 원칙이 느슨해진 틈을 타서 공중급유구를 슬며시 끼워 놓게 됩니다. 그래서 현재 F-4EJ는 공중급유능력을 갖춘기종이 되었고 이것은 미공군 KC-135와의 합동훈련시 주로 사용한다고 합니다.