최초의 F-4C는 1963년 5월 27일에 첫비행을 실시합니다. 모델명 98DE라고 하는 이기체는 외형은 해군의 F-4B와 거의 동일하다고 합니다. 애초에 폐지할려고했던 접이날개와 어레스팅후크도 그대로 붙어 있었죠.
그렇지만 내부적으로는 F-4B와 많이 다르다고 합니다. 전에도 언급했던 이중조종장치가 설치되어 있었고,폭넓은 저압타이어에 보다 튼튼한 바퀴 또한 B형보다 더 불룩해진 바퀴삽입구 그리고 내부 날개틀위아래에 추가되어 피스톤에 의해 움직이는 미끄럼방지 장치도 장착되었습니다.
F-4B형에 장착된 해군형 공중급유방식인 프로브는 철거되고 후방석 뒤 동체가운데에 뚜껑이열리고 여기에 급유파이프를 삽입하는 붐방식으로 바뀌게 됩니다.
후방석 조종사용으로 새로운 계기판이 설치가 되었는데, 전방시야를 개선하기위한 낮은 틀과 재배치된 레이더작동손잡이, 공격스위치등 여러가지 면에서 해군의 B형과 많은 차이를 보입니다.