최초의 F-111E는 1968년 8월 20일에 있었고 공군으로의 기체인도는 1969년부터 1971년 5월28일까지 총 94대가 인도되었습니다.
최초의 인도는 케논공군기지소속 제27전술전투비행단에 인도되어 초기작전능력에 도달하였습니다.
그리고 이듬해 12월에 29를 추가로 인도받았습니다.
그러나 E형은 기체의 날개골격의 안전성이 확보될때까지 공군에 의해 비행제한조치를 당합니다.
1969년 12월 15번째양산형 F-111A의 손실후 6개월동안 조달이 지연되는데 이는 공군이 비행기의 결함을 완벽하게 고치기까지 전 F-111의 비행및 신규조달을 중단했기 때문입니다.
이때 F-111E도 1969년 사고로인한 A형의 손실이후의 문제점을 조사하고, 그에 맞는 개수프로그램을 진행해나갑니다.
그이후 1970년 7월 비행중지명령은 풀리게 됩니다.