F-111A와 F-111B는 기본적으로 같은 구조로 되어있습니다.동일한 연료시스템,동일한 2기의 프랫/휘트니 TF-30-P-1터보팬엔진,2명이 나란히 탑승하는 병렬방식(Side-by-side)의 동일한 2좌석조종석을 갖는데 이좌석은 원래 해군의 요구에 의한것이었습니다. 해군은 추락시 비행기로부터 자유롭게 분리될수있는 캡슐형 사출장치를 고집했기 때문이죠. F-111B는 동체가 A형보다 8피트 6인치정도 더 작다고 합니다. 이유는 항모 엘리베이터에서의 적당한 운용면적을 유지하기 위함이었습니다. 대신 날개의 면적을 3피트 6인치정도 더 늘렸는데, 이는 긴체공시간을 유지하기 위함이었죠. 해군버전은 휴즈 AN/AWG-9 펄스도플러 레이더와 6기의 불사조미사일을 장착합니다. 반면 공군버전은 제네럴 일렉트릭 AN/APQ-113 공격레이다, 텍사스 인스트루먼트 AN-APQ-110 지형추적레이다와 공대지무장을 장착합니다.
1962년 12월21일 초기 18기의 F-111A을 해군은 5기의 F-111B를 계약합니다. 그리고 이기종들은 시험평가용으로 사용됩니다. 이기체는 원래 중량감소를 위해 기체전면을 티타늄으로 제작하려고 했지만, 제작공정이 복잡하고 어려운데다, 가격마저 비싸서 비행기에서 보통 사용하는 금속으로 제작하게 됩니다.
그리고 제네럴 다이나믹스는 여태껏 해군기를 만들어본 경험이 전무하여, 사업파트너로 해군기의 경험이 많은 그루먼사를 선정합니다. 그루먼은 동체를 제작하고 착륙장치는 F-111A형을 사용하기로 합니다.