정부는 3일 북한 목선(木船)의 '삼척항 입항 귀순' 사건과 관련, 일선 군부대의 경계 근무 태세에 문제점이 발견됐다며 박한기 합참의장을 경고 조치하고 8군단장을 보직 해임한다고 밝혔다. 핵심 쟁점이었던 군 수뇌부와 청와대의 사건 축소·은폐 의혹에 대해선 "확인되지 않았다"고 했다. 하지만 이날 청와대는 김유근 국가안보실 1차장을 '엄중 경고' 조치했다. 경계 태세와는 관련없는 김 1차장에 대한 엄중 경고는 축소·은폐 의혹을 간접적으로 시인한 것 아니냐는 얘기가 나왔다.

최병환 국무조정실 1차장은 이날 정부서울청사에서 가진 정부 합동 조사 결과 발표에서 "해안 경계 작전은 레이더와 지능형 영상 감시 시스템에 포착된 소형 목선을 주의 깊게 식별하지 못했고, 주간·야간 감시 성능이 우수한 열상감시장비(TOD)를 효과적으로 운용하지 못해 해안 감시에 공백이 발생했다"고 밝혔다. 국방부는 이에 따라 합참의장, 지상작전사령관, 해군작전사령관을 엄중 경고 조치했다. 또 8군단장을 보직 해임하고 23사단장과 해군 1함대 사령관을 징계위원회에 회부했다. 정경두 국방장관은 이날 "국방부 장관으로서 깊은 책임을 통감한다"며 사과했다.