기무사의 위수령·계엄령 문건 등을 수사할 특별수사단은 전익수 공군본부 법무실장(대령)이 이끈다. 전 단장은 송영무 장관이 임명했지만 대통령 지시에 따라 송 장관 지휘를 받지 않고 독립적으로 수사하게 된다. 송 장관은 당초 수사단장에 김영수 해군본부 법무실장을 유력하게 검토했던 것으로 알려졌다. 하지만 같은 해군 소속이라는 점이 논란이 되자 전 단장으로 변경한 것으로 알려졌다.

수사단의 공식 명칭은 '기무사 세월호 민간인 사찰 의혹, 전시 계엄 및 합수 업무 수행 방안 문건 의혹 특별수사단'이다. 육군과 기무사 출신을 배제하고 해·공군 검사 중심으로 30여 명 규모의 수사단을 구성할 예정이다. 오는 8월 10일까지 1개월간 활동할 예정이지만 필요하면 활동 시한을 연장할 수 있다.

수사단은 기무사 문건이 누구 지시로 작성됐는지, 또 실제 이를 실행할 의도가 있었는지를 규명하는 데 수사력을 집중할 것으로 알려졌다. 수사는 우선 한민구 전 국방장관, 조현천 전 기무사령관 등 기무사 문건 작성과 관련이 있는 당시 군 수뇌부를 대상으로 이뤄질 전망이다. 또 박근혜 전 대통령과 황교안 전 총리, 김관진 전 청와대 국가안보실장 등 윗선으로 수사가 확대될 수도 있다는 관측이 나온다. 지난 3월 기무사 문건을 보고받고도 별다른 조치를 취하지 않은 송 장관에 대한 조사도 이뤄질 수 있다. 현재 군 수뇌부나 장성급 일부도 수사 대상에 포함될 수 있다.

이들에게 적용될 혐의와 관련해 민주당 추미애 대표는 이날 "내란음모죄에 해당할 수도 있다"고 했다. 같은 당 김병기 의원은 "이명박 정부 때인 2011년에도 국방부가 '계엄 선포 시기 조정 검토에 대한 관련 부처 검토 협조 요청'이라는 제목의 공문을 만들었다"며 "보수 정권 9년 동안 '유사시 군 병력 동원'에 대한 논의가 지속됐다는 증거"라고 했다. 이에 대해 야당은 "여당이 보수 정권을 모두 적폐로 낙인찍기 위해 몰아가는 것"이라고 했다.